故事的主人公是高中生侦探——工藤新一。在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一看到两个黑衣人进行非法交易，因为看的太入神而被另一个黑衣人从后面击昏。那人乘机给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。